O Brasil é o segundo maior produtor mundial de soja e um dos poucos com potencial de aumentar a produção no futuro, dado a existência de áreas ainda não cultivadas e a crescente demanda mundial por produtos de soja (FRANÇA NETO 2004). Entre os problemas que afetam a produção de soja no Brasil, a ferrugem asiática, doença causada pelo fungo Phakopsora pachyrhizi Sydow & Sydow, tem causado enormes danos econômicos. Perdas de produtividade maiores que 75% já foram observadas quando nenhuma medida de controle da doença foi aplicada (YORINORI et al. 2005). Até o momento, não existem cultivares de soja resistentes a ferrugem asiática e, portanto, é imprescindível a identificação de materiais e o desenvolvimento de variedades resistentes. Quatro genes de resistência a ferrugem asiática dominantes e independentes foram descritos na literatura: Rpp1 (PI 200692), Rpp2 (PI 230970), Rpp3 (PI 462312) e Rpp4 (PI 459025) (BROMFIELD e HARTWIG 1980, MCLEAN e BITH 1980, HARTWIG e BROMFIELD 1983, HARTWIG 1986). Genes de resistência também foram identificados em outros genótipos, como a FT-2, uma cultivar brasileira (ARIAS et al. 2004). Quando a doença foi primeiramente detectada no Brasil todos estes genes eram efetivos. Entretanto, em 2003, uma nova raça de P. pachyrhizi quebrou a resistência conferida pelos genes Rpp1, Rpp3 e pelo locus identificado na cultivar FT-2, aqui chamado de Rpp(FT-2). Em virtude dessa quebra de resistência, não foi possível a realização de experimentos para determinar se o Rpp(FT-2) é um alelo de Rpp1 ou Rpp3; entretanto, a genealogia desta cultivar sugere que este gene seja Rpp1 (POLIZEL, 2005). Atualmente, dos genes descritos na literatura, somente o Rpp2 e o Rpp4 permanencem resistentes (ARIAS et al. 2004). Considerando a atual necessidade de desenvolvimento de variedades de soja resistentes à ferrugem, esse trabalho teve por objetivo identificar marcadores moleculares de microssatélites ligados aos genes Rpp2, Rpp4 e Rpp(FT-2), possibilitando o seu mapeamento nos grupos de ligação da soja.