O lucro é o objetivo principal de qualquer agricultor e ele não é obtido apenas com a obtenção de boas produtividades. Também pode ser conseguido com a redução de custos, via uso mais racional dos insumos de produção, como agrotóxicos e fertilizantes.
A economia nos agrotóxicos pode ser obtida via manejo integrado de pragas e doenças (MIP), que difere da aplicação calendarizada, na qual o agricultor realiza a aplicação dos agrotóxicos independentemente da presença ou não da praga ou da doença. Para o controle das lagartas desfolhadoras existem recomendações técnicas que indicam o número de lagartas por m² de lavoura que justifica a pulverização de inseticida.
A população que justifica o controle das lagartas varia com o tipo da lagarta e com a finalidade da produção; se para grãos ou para sementes. Também pode ser usado o índice de desfolhamento como parâmetro para definir quando o agrotóxico deveria ser aplicado no controle das lagartas.
Quanto aos percevejos sugadores, sua presença não causa danos à produtividade da soja nos estádios que antecedem a formação das vagens e dos grãos. Sem a presença destas estruturas não há prejuízo para a produção da soja, portanto, não faz sentido controla-los na fase vegetativa. É desperdiçar dinheiro.
Obedecendo estes critérios pode-se reduzir o número médio de pulverizações em 50%, economizando dinheiro e reduzindo a contaminação ambiental. Estudos realizados pela Embrapa indicaram economia de R$ 125,58/ha, que, extrapolando este montante aos 36 Mha de soja cultivados no Brasil, poderia gerar uma economia anual de R$ 4,52 bilhões.
Nos fertilizantes, o agricultor pode economizar principalmente com a adubação nitrogenada, substituindo o fertilizante mineral pela inoculação com bactérias fixadoras do nitrogênio presente no ar atmosférico, ao custo de uma fração do que gastaria com o uso de fertilizantes minerais. A soja é a cultura que mais se beneficia com a fixação biológica do nitrogênio (FBN). Estudos da Embrapa (Hungria e Mendes, 2015) calcularam o ganho dos agricultores brasileiros com a FBN da soja na safra 2012/13, em US$ 15 bilhões anuais. Naquela safra, o país cultivava 27,7 Mha com a oleaginosa. Hoje cultiva, aproximadamente, 36 Mha, cuja economia com a utilização da FBN subiria para US$ 19,85 bilhões anuais, montante que alavanca a competitividade do Brasil na comercialização do grão no mercado global.
O argumento de que a inoculação não é suficiente para prover o nutriente necessário para obter-se altas produtividades, não procede. Estudos da Embrapa mostraram que mesmo para altas produtividades a inoculação bem feita, com inoculante funcional, é capaz de garantir as mais altas produtividades na cultura.
Também, é possível economizar na adubação, evitando aplicar nutrientes que estão em níveis adequados no solo. Isto se consegue, principalmente, por meio da análise laboratorial de amostras de solo obtidas de forma representativa do talhão de lavoura.
Cabe ressaltar que o uso contínuo de fertilizantes, como os fosfatados concentrados, pode ocasionar em deficiência nutricional de outros nutrientes, em especial, o enxofre. Ou seja, a quantidade aplicada deve ser equilibrada e em níveis adequados para que a planta expresse todo o seu potencial produtivo.
O desperdício de insumos na produção de uma lavoura encarece a produção. O insumo salvo pela correta utilização pode representar o principal ingresso financeiro de uma propriedade agrícola, em anos de safras magras ou de mercado desvalorizado.