Ceres licencia software de pesquisa de DNA para a Bayer CropScience
Empresa buscará licenças adicionais entre as companhias biocientíficas
Empresa buscará licenças adicionais entre as companhias biocientíficas
Software como opção de serviço para comunidade de pesquisa mais ampla
Empresa agrícola de biotecnologia e de sementes, anunciou ter licenciado seu aplicativo de busca e visualização genômica Persephone para a Bayer CropScience. O contrato de licença multianual do software e colaboração oferece uma licença não-exclusiva para a Bayer, bem como serviços profissionais, incluindo suporte, customizações e manutenção. A Bayer é a segunda empresa multinacional biocientífica a ter o Persephone licenciado como seu “navegador” genômico principal.
Originalmente desenvolvido pela Ceres para uso interno, o Persephone permite aos pesquisadores ampliar ou diminuir com rapidez o zoom em grandes quantidades de dados genéticos, de um nível de cromossomos a uma simples base de DNA. Em cima desses dados, os usuários podem sobrepor e cruzar referências de informações, praticamente da mesma forma que os serviços de mapeamento geográfico permitem aos usuários adicionar informações sobre o tempo ou locais de negócios a um mapa de coordenadas.
“Estamos orgulhosos de a Bayer ter selecionado o Persephone como principal sistema de busca genômica para uso interno em Pesquisa e Desenvolvimento, e estamos ansiosos para trabalhar com a Bayer por muitos anos”, diz Richard Hamilton, presidente e CEO da Ceres. “A explosão do sequenciamento de genoma a baixo custo – tanto da ciência das plantas como da pesquisa biomédica – está criando conjuntos de dados incrivelmente grandes que são ricas fontes de informação, se prospectadas de forma eficiente. O Persephone nos proporciona uma oportunidade de curto prazo significativa em aproveitar a nossa expertise em bioinformática e análise genética, enquanto acelera o nosso trabalho de pesquisa e desenvolvimento interno”, disse Hamilton.
Dr. Jakob de Vlieg, chefe do grupo Computational Life Sciences da Bayer CropScience afirma: “Nossa empresa vai se beneficiar da implementação desta solução integrada, já que esta plataforma permite a consulta interativa e a visualização integrada de vários dados ômicos. O sistema de busca e pequisa de genoma Persephone impressionou nossos geneticistas e bioinformatas, tanto por seu desempenho como por sua interface amigável. O Persephone vai facilitar à eles a tomada de decisões em abordagens experimentais”.
Tim Swaller, vice-presidente de Tecnologias Genômicas da Ceres, observa que a velocidade é tida como base, na maioria dos mercados de software, mas o mercado de genética tem lutado com massivos conjuntos de dados gerados pelo sequenciamento de DNA e testes genéticos. Por exemplo, um genoma típico contém vários terabytes de dados. Genomas de plantas, que podem ser maiores do que o humano, têm sido os mais desafiadores.
Para ajudar a resolver o problema da velocidade e expandir o modo como os pesquisadores podem explorar e prospectar dados genéticos, os engenheiros do software Persephone desenvolveram métodos de compressão de dados e outras otimizações. “A velocidade muda a maneira como os pesquisadores podem usar seus dados. Ela incentiva a pesquisa mais exploratória e uma melhor utilização dos dados genéticos”, diz Swaller. A Ceres tem usado o Persephone no melhoramento genético assistido por marcadores e pipelines de características para acelerar o desenvolvimento de linhagens parentais de elite e melhoria dos híbridos de sorgo para o Brasil.
Swaller afirma que o Persephone pode ser empregado por meio de plataformas de tecnologia biocientíficas que utilizam dados genéticos. A Ceres oferece atualmente o Persephone como uma instalação de cliente-servidor e está desenvolvendo um software como um modelo de serviço (SaaS), que se destina a fornecer aos pesquisadores individuais uma ferramenta online para visualizar e comparar as informações genéticas armazenadas em bancos de dados públicos. A empresa tem como alvo o emprego de uma versão beta baseada em nuvem do Persephone até o final deste ano.
“Acreditamos que há muitos pesquisadores individuais atualmente que poderiam se beneficiar a partir da interface do Persephone”, disse Swaller. Ele salienta que a Ceres também está explorando oportunidades para o software fora da agricultura.
SOBRE O PERSEPHONE
O Persephone é um aplicativo de visualização do genoma comercializado pela Ceres, Inc. O software permite que os pesquisadores explorem as bases de dados de DNA da mesma forma que os programas de mapeamento on-line permitem aos usuários explorar regiões geográficas e lugares. O Persephone foi projetado para exibir diversos dados, como mapas genéticos, sequências genômicas, modelos de genes, sintenia (QTLs, SNPs, RNA-Seq, e expressão gênica, entre outros. O software possui um sistema de renderização gráfica ultra-rápida que pode carregar e visualizar 30 milhões de SNPs em 30 segundos em instalações de cliente-servidor. O Persephone é uma marca de Ceres, Inc.
Originalmente desenvolvido pela Ceres para uso interno, o Persephone permite aos pesquisadores ampliar ou diminuir com rapidez o zoom em grandes quantidades de dados genéticos, de um nível de cromossomos a uma simples base de DNA. Em cima desses dados, os usuários podem sobrepor e cruzar referências de informações, praticamente da mesma forma que os serviços de mapeamento geográfico permitem aos usuários adicionar informações sobre o tempo ou locais de negócios a um mapa de coordenadas.
“Estamos orgulhosos de a Bayer ter selecionado o Persephone como principal sistema de busca genômica para uso interno em Pesquisa e Desenvolvimento, e estamos ansiosos para trabalhar com a Bayer por muitos anos”, diz Richard Hamilton, presidente e CEO da Ceres. “A explosão do sequenciamento de genoma a baixo custo – tanto da ciência das plantas como da pesquisa biomédica – está criando conjuntos de dados incrivelmente grandes que são ricas fontes de informação, se prospectadas de forma eficiente. O Persephone nos proporciona uma oportunidade de curto prazo significativa em aproveitar a nossa expertise em bioinformática e análise genética, enquanto acelera o nosso trabalho de pesquisa e desenvolvimento interno”, disse Hamilton.
Dr. Jakob de Vlieg, chefe do grupo Computational Life Sciences da Bayer CropScience afirma: “Nossa empresa vai se beneficiar da implementação desta solução integrada, já que esta plataforma permite a consulta interativa e a visualização integrada de vários dados ômicos. O sistema de busca e pequisa de genoma Persephone impressionou nossos geneticistas e bioinformatas, tanto por seu desempenho como por sua interface amigável. O Persephone vai facilitar à eles a tomada de decisões em abordagens experimentais”.
Tim Swaller, vice-presidente de Tecnologias Genômicas da Ceres, observa que a velocidade é tida como base, na maioria dos mercados de software, mas o mercado de genética tem lutado com massivos conjuntos de dados gerados pelo sequenciamento de DNA e testes genéticos. Por exemplo, um genoma típico contém vários terabytes de dados. Genomas de plantas, que podem ser maiores do que o humano, têm sido os mais desafiadores.
Para ajudar a resolver o problema da velocidade e expandir o modo como os pesquisadores podem explorar e prospectar dados genéticos, os engenheiros do software Persephone desenvolveram métodos de compressão de dados e outras otimizações. “A velocidade muda a maneira como os pesquisadores podem usar seus dados. Ela incentiva a pesquisa mais exploratória e uma melhor utilização dos dados genéticos”, diz Swaller. A Ceres tem usado o Persephone no melhoramento genético assistido por marcadores e pipelines de características para acelerar o desenvolvimento de linhagens parentais de elite e melhoria dos híbridos de sorgo para o Brasil.
Swaller afirma que o Persephone pode ser empregado por meio de plataformas de tecnologia biocientíficas que utilizam dados genéticos. A Ceres oferece atualmente o Persephone como uma instalação de cliente-servidor e está desenvolvendo um software como um modelo de serviço (SaaS), que se destina a fornecer aos pesquisadores individuais uma ferramenta online para visualizar e comparar as informações genéticas armazenadas em bancos de dados públicos. A empresa tem como alvo o emprego de uma versão beta baseada em nuvem do Persephone até o final deste ano.
“Acreditamos que há muitos pesquisadores individuais atualmente que poderiam se beneficiar a partir da interface do Persephone”, disse Swaller. Ele salienta que a Ceres também está explorando oportunidades para o software fora da agricultura.
SOBRE O PERSEPHONE
O Persephone é um aplicativo de visualização do genoma comercializado pela Ceres, Inc. O software permite que os pesquisadores explorem as bases de dados de DNA da mesma forma que os programas de mapeamento on-line permitem aos usuários explorar regiões geográficas e lugares. O Persephone foi projetado para exibir diversos dados, como mapas genéticos, sequências genômicas, modelos de genes, sintenia (QTLs, SNPs, RNA-Seq, e expressão gênica, entre outros. O software possui um sistema de renderização gráfica ultra-rápida que pode carregar e visualizar 30 milhões de SNPs em 30 segundos em instalações de cliente-servidor. O Persephone é uma marca de Ceres, Inc.
