Curso de bioinformática na Embrapa Agroenergia

A Embrapa Agroenergia promove, de segunda a sexta-feira da próxima semana (5 a 9/12), o curso "Bioinformática na prática III - análises genômicas, programação para bioinformática e desenvolvimento mobile", na Sala de Treinamentos da Instituição, em Brasília/DF. A capacitação é coordenada pelo pesquisador Eduardo Fernandes Formighieri e, além dos colaboradores do Laboratório de Bioinformática em Bioenergia, terá como professor o analista de sistemas Paulo Khouri, que tem trabalhado no desenvolvimento de software mobile.

O curso é gratuito e terá 36 horas de duração, com aulas das 8h às 17h (5 a 8/12), e das 8h às 12h (9/12). Para inscrever-se, envie e-mail para [email protected]. São poucas vagas e os interessados deverão incluir na mensagem um parágrafo contando qual a motivação para participar deste curso, além de nome completo e telefone para contato.

Veja a programação completa dos módulos teóricos e práticos:

• Módulo I - Introdução à Bioinformática (8h)
Trará conceitos básicos de genômica e algumas das principais ferramentas de bioinformática utilizadas no dia a dia, como Buscas nas principais bases de dados biológicos, NCBI BLAST, Clustal Omega e Primer3.
Professor: Eduardo Formighieri.

• Módulo II - Filogenia molecular (4h)
Será desenvolvido com o propósito de guiar o estudante na descoberta inicial de diferentes ferramentas, reflexão e senso crítico a respeito das virtudes e limitações que os métodos filogenéticos apresentam, e suas aplicações.
Professora: Thaís Santiago.

• Módulo III - Programação Python (8h)
Apresentará conceitos básicos de programação voltados a atividades de bioinformática, utilizando a linguagem de programação Python juntamente com o conjunto de ferramentas BioPython.
Professor: Marcelo Soares

• Módulo IV - Programação Mobile (4h)
Apresentará conceitos básicos de programação para desenvolvimento de aplicativos para mobile e um pouco da sua experiência como desenvolvedor.
Professor: Paulo Khouri

• Módulo V - QC e Montagem (4h)
Apresentará diferentes formas de realizar Controle de Qualidade de sequências NGS e, ainda, tratará do processo de montagem de genomas, incluindo a montagem de organelas e do genoma nuclear.
Professora: Brenda Porto

• Módulo VI - Anotação (4h)
Abrangerá a utilização do pipeline maker na anotação estrutural e funcional de genomas, incluindo mascaramento de repetições, treinamento de preditores, e construção de bancos de dados para suporte de homologia. Ainda a integração das anotações genômicas via interface gráfica - Jbrowse.
Professor: Andrei Steindorf

Para finalizar, haverá mais algumas horas de prática livre, para que possam ser tiradas dúvidas específicas e até avaliados casos pessoais (4h).