Os mercados, como era esperado, foram mais rápidos do que o processo de mudança institucional, e conseguiram diferenciar a soja não-transgênica. Três frentes são as mais trabalhadas: os Estados do Sul do Brasil, especialmente o Rio Grande do Sul, têm probabilidade alta de possuírem soja transgênica; o mercado internacional já segrega as regiões onde a soja é adquirida em função do risco de presença de grãos transgênicos, mesmo que nenhum teste de transgenia tenha sido feito; e diversas empresas ligadas à identificação de grãos transgênicos e certificação, sejam elas certificadores, laboratórios e empresas de inspeção, já estão dentro do Brasil executando projetos de identificação de Organismos Geneticamente Modificados (OGM).
O perfil das exportações brasileiras por região mostra que o mercado internacional já está segregando grãos transgênicos daqueles não-transgênicos. Quando o grão de soja é destinado para os países asiáticos, especialmente para a China, não há restrições quanto ao OGM, o que faz com que os compradores venham buscar o produto do Sul do País.
Quando o produto destina-se à União Européia (UE), os compradores mostram nítida preferência pelos grãos não-transgênicos. Nesse caso, o produto dos cerrados é preferido porque o risco da presença de soja transgênica é bem mais baixo do que no Rio Grande do Sul, por exemplo.
Se a prática atual do mercado é essa, basta a aprovação do cultivo de transgênicos para que o mercado de certificação cresça violentamente no Brasil. Isso porque os europeus, embora venham comprar soja no Centro-Oeste, ainda necessitam de comprovação de que o produto não é geneticamente modificado. É bastante provável, portanto, que os importadores façam suas análises nas cargas que chegam aos portos europeus. A situação deverá se alterar rapidamente quando o cultivo de transgênicos for autorizado no Brasil. Os compradores que desejam grãos não-transgênicos serão obrigados a comprar o produto com algum nível de prêmio para ter garantia de fornecimento. Enquanto houver a proibição, impede-se a formação de um mercado de prêmio de preço para a soja não-transgênica porque o cerrado ainda encontra-se com baixo risco.
