A crescente demanda por pesticidas, face à expansão desordenada da agropecuária nos planaltos da Bacia do Alto Paraguai, constitui uma das principais ameaças à sustentabilidade do Pantanal pelo risco de alterar a estrutura dos ecossistemas, e consequentemente a biodiversidade. Os pesticidas podem contaminar o solo, a água, a fauna e a flora, além do próprio homem. Essa situação é preocupante e também não pode ser descartada, pelas inúmeras possibilidades de contaminação e amplificação através das cadeias alimentares.
A partir da década de 70, através de incentivos do governo federal, matas e cerrados do Centro-Oeste brasileiro foram rapidamente substituídos pela agropecuária, transformando-os em grandes unidades de produção de bovinos de corte e grãos. Em Mato Grosso, os pecuaristas, inicialmente, cultivaram arroz para viabilizar a formação das pastagens. As grandes agropecuárias, após desmatamento, vem cultivando soja há alguns anos. Atualmente, constata-se principalmente, o crescimento dos cultivos de soja e algodão, além de milho, feijão e outras culturas. Em Mato Grosso do Sul, nos planaltos adjacentes ao Pantanal, principalmente na Bacia do Alto Rio Taquari (BAT), Miranda, Aquidauana e Negro, o panorama é praticamente o mesmo, exceto quanto ao cultivo de algodão.
Sabe-se que os pesticidas (herbicidas, inseticidas e fungicidas) constituem um largo espectro de produtos químicos com estruturas e princípios ativos diferentes, sendo ainda uma das principais tecnologias para combater invasoras de culturas e pastagens, controlar insetos e doenças de plantas e animais para garantir a produtividade do agronegócio.
O macrozoneamento de Mato Grosso do Sul, evidenciou que a Microrregião Homogênea do Alto Taquari na sua bacia, se destacou em segundo lugar quanto à utilização de pesticidas na agropecuária no triênio 1985/86/87. Levantamento da Embrapa Pantanal, referente ao emprego de biocidas na agropecuária da BAT de 1988 a 1996, mostrou que os herbicidas são os mais empregados, seguidos pelos inseticidas e fungicidas. A cultura da soja foi a que mais usou pesticidas, principalmente herbicidas. O município de São Gabriel D’Oeste, que possui a quase totalidade de sua área (88,94%) na BAT, foi onde mais se expandiu a cultura da soja e o que mais empregou pesticidas, em relação aos demais municípios da bacia do alto Taquari.
Os grupos químicos dos herbicidas mais empregados na agropecuária na BAT, de 1988 a 1996, foram as dinitroanilinas (base da trifluralina), difeniléteres, imidazolinonas, imidazolinas, benzotiazinas, bipiridilios, derivados da glicina, fenoxiacéticos, acetanilidas, aril oxi fenoxi propionatos, triazinas, triazinonas, entre outros. Com relação aos inseticidas, os grupos mais usados foram os organofosforados, éster do ácido sulfuroso de um diol cíclico, carbamatos, triazinas + triazinas, piretróides sintéticos, organoclorofosforados, atrazinas + acetanilidas, tiocarbamatos, isoxazolidinonas, organoclorados, triazinonas e outros. Entre os fungicidas, os grupos mais utilizados foram os ditiocarbamatos, ftamidas, benzimidazóis, ditiocarbamatos, triazóis, benzimidazóis, ftaminas e outros. Além disso, a literatura evidenciou o emprego de pesticidas das classes toxicológicas I e II e de contaminação do leite materno, em 1996, por organoclorados, inclusive DDT, em Mato Grosso, acima do limite recomendado pela Organização Mundial de Saúde.
