Desde o inicio de suas atividades, o melhoramento genético do algodoeiro foi a principal atividade da Embrapa Algodão. Na década de 80, o Centro passou a investir mais no desenvolvimento de variedades anuais de ciclo precoce como estratégia para a convivência com o bicudo. Na década de 90, a Embrapa Algodão passou a promover pesquisas para o desenvolvimento de cultivares de algodoeiro adaptáveis às condições do Cerrado brasileiro. A obtenção e distribuição da CNPA ITA 90 a partir de 1992 foi o marco para a consolidação da cotonicultura na região. E desde 1997, a Unidade tem lançado de uma a três cultivares por ano para o Cerrado, que tem aproximadamente metade de sua área de algodão plantada com variedades da Embrapa.
