A partir da década de noventa as políticas comerciais do país foram liberalizadas, empresas públicas foram privatizas, mercados internos foram desregulamentados e impostos foram reduzidos em alguns setores da economia. A partir de 1994 com o Plano Real, houve uma estabilização macroeconômica e um controle mais efetivo da inflação. Com a adoção das normas de comércio do Acordo Agrícola da Rodada Uruguai (OMC) em 1995, a adoção da Lei Kandir em 1996 desonerando de ICMS matérias primas e produtos semimanufaturados para exportação e a eliminação do monopólio estatal do comércio do álcool etílico em 1999, fica caracterizado uma nova fase comercial para o país. Os efeitos na agricultura foram importantes, reduzindo o custo de aquisição das terras e possibilitando a entrada de novos produtores no mercado. A renegociação das grandes dívidas existentes, oriundas de períodos inflacionários passados quando eram corrigidas por indicadores financeiros específicos, possibilitou a retomada dos investimentos em tecnologia e a agricultura apresentou forte crescimento. As políticas públicas voltadas para a agricultura visam desenvolver a economia e promover a expansão da oferta de fibras e alimentos, com atendimento social diferenciado para aquela parcela mais pobre da população rural e são de domínio de vários ministérios, o que acaba gerando desacertos e ineficiências no setor.
A política agrícola sob responsabilidade do MAPA está assentada sobre dois pilares: crédito e garantia de renda aos produtores (WEDEKIN,2005). A política geral, monetária e fiscal é de responsabilidade do Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão, Ministério da fazenda, Banco Central e Conselho Monetário Nacional. O Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA) é responsável pela formulação das estratégias de desenvolvimento do setor e de algumas políticas e sua execução e possui algumas instituições vinculadas como a CONAB (Companhia Nacional de Abastecimento), encarregada de compras governamentais para atender programas sociais do governo federal, agências estaduais envolvidas em compra e estocagem de alimentos em SP e MG, e a Embrapa (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária). O Ministério do Desenvolvimento Agrário (MDA) é responsável pela formulação de políticas direcionada para a agricultura familiar (agricultores de menor renda) e para a reforma agrária. O Ministério do Desenvolvimento Social e Combate a Fome (MDS) é responsável pela política de distribuição de alimentos de propriedade do governo para população carente. No nível federal, a Casa Civil da Presidência da República tem desempenhado um papel concentrador e relevante sobre todas as organizações governamentais nos últimos anos, intervindo diretamente nas decisões estratégicas e na formulação e execução das políticas setoriais de vários setores.
